SARS-CoV-2 (ang. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) to wirus, którego nie można zidentyfikować na podstawie obrazu klinicznego pacjenta. Ze względu na brak objawów lub objawy niespecyficzne, a także powolny bezobjawowy rozwój zakażenia, do identyfikacji wirusa konieczne jest stosowanie diagnostyki laboratoryjnej (więcej: Jak odróżnić zakażenie koronawirusem od alergii i pozostałych jednostek chorobowych?)
Obecnie na rynku dostępne są trzy rodzaje testów do wykorzystania w diagnostyce wirusa SARS-CoV-2:
- genowe (molekularne) wykrywające materiał genetyczny wirusa,
- antygenowe wykrywające białko wirusa,
- serologiczne (immunologiczne) wykrywające przeciwciała.
Testy antygenowe
Testy antygenowe służą do wykrywania antygenów wirusa SARS-CoV-2 metodami immunochromatograficznymi lub techniką ELISA. Charakteryzuje je krótki czas wykonania badania i niska cena. Nie wykrywają one materiału genetycznego wirusa, a jedynie jego specyficzne białko.
Wadami testów antygenowych jest możliwość występowania reakcji krzyżowych z innymi koronawirusami, a także brak walidacji. Dlatego do czasu przeprowadzenia walidacji klinicznej nie są zalecane.
Diagnostyka molekularna
Według rekomendacji WHO (World Health Organization) oraz ECDC (Europejskiego Centrum ds. Zapobiegania i Kontroli Chorób) rozpoznanie zakażenia wirusem SARS-CoV-2 wymaga potwierdzenia obecności materiału genetycznego wirusa w badanym materiale pobranym od pacjenta (NAAT – nucleid acid amplification test).
Testy diagnostyczne pozwalają wykryć szereg genów wirusa SARS-CoV-2, między innymi:
- swoiste obszary genu RdRP, ORF 1ab i N, charakterystyczne wyłącznie dla SARS-CoV-2,
- obszary genu otoczkowego E, charakterystycznego dla wszystkich betakoronawirusów.
Rekomendacje WHO w zakresie diagnostyki molekularnej koronawirusa
Według wytycznych WHO w obszarach, gdzie dochodzi do zakażeń populacyjnych wirusem SARS-CoV-2, ujawnienie w materiale genetycznym wirusa obecności jednego genu, uważa się za wystarczające do wykrycia zakażenia. W Polsce warunkiem potwierdzenia zakażenia jest wykrycie co najmniej dwóch genów wirusa. Wykrycie pojedynczego genu wymaga dalszej weryfikacji laboratoryjnej.
Co jest materiałem do badań w diagnostyce molekularnej?
Materiałem do badań technikami biologii molekularnej są wymazy z górnych dróg oddechowych (z nosa i gardła oraz nosogardzieli) oraz dolnych dróg oddechowych (plwocina, aspiraty tchawicze lub BAL).
Jak działają testy molekularne?
Większość używanych obecnie testów do diagnostyki molekularnej wirusa SARS-CoV-2 bazuje na reakcji rRT-PCR (ang. reverse-transcription real-time polymerase chain reaction) opartej o reakcję odwrotnej transkrypcji, czyli proces przepisywania jednoniciowego RNA wirusa na dwuniciowy DNA (cDNA). W drugim etapie cDNA jest powielane w reakcji PCR i następnie wykrywane w czasie rzeczywistym za pomocą znakowanych sond. Wykrycie materiału genetycznego wirusa w organizmie chorego jest możliwe jedynie w aktywnej fazie choroby (do około 14 dnia), dlatego testy genetyczne najwyższą czułość uzyskują między 7 a 14 dniem od kontaktu z wirusem SARS-CoV-2.
Wynik negatywny testu genetycznego oznacza brak wykrycia materiału genetycznego wirusa SARS-CoV-2 w badanym materiale pobranym od pacjenta. Natomiast wynik pozytywny świadczy o wykryciu materiału genetycznego wirusa.
Jakie są zalety testów genetycznych?
Testy genetyczne wyróżniają się pewnymi zaletami, są to przede wszystkim:
- możliwość potwierdzenia zakażenia we wczesnej fazie infekcji,
- zdolność do wykluczenia replikacji wirusa po przechorowaniu,
- możliwość wykrycia zakażenia u pacjentów bezobjawowych lub skąpoobjawowych,
- niskie ryzyko wystąpienia reakcji krzyżowych.
Jakie są ograniczenia testów molekularnych?
Do ograniczeń wykorzystania testów molekularnych w diagnostyce zakażeń wirusem SARS-CoV-2 należą czasochłonna i skomplikowana procedura wykonania badania oraz odpowiednie warunki laboratorium wykonującego diagnostykę. Na wynik badania mają wpływ czynniki takie jak: czas, jakość i transport materiału pobranego od pacjenta.
Jak działają tak zwane „szybkie testy molekularne”?
Obecnie na rynku pojawiają się tzw. szybkie testy molekularne wykrywające RNA wirusa, które stają się ważnym narzędziem diagnostycznym. Szczególną rolę odgrywają w pilnych przypadkach, na przykład w Izbach Przyjęć. Zaletą testów jest krótki czas wykonania oznaczenia (15-55 minut) oraz możliwość wykonywania badań w miejscu leczenia bez konieczności transportu materiału.
Szybkie testy są także w pełni zautomatyzowane. Głównym ograniczeniem szybkich testów molekularnych jest mała przepustowość. Testy tego typu na szeroką skalę stosowane są między innymi do diagnostyki wirusa grypy.
