Genetycy z Poznania o genomie SARS-CoV-2 izolowanego w Polsce

Naukowcy z Instytutu Genetyki Człowieka PAN w Poznaniu dokonali całościowej analizy porównawczej wszystkich dostępnych pełnych sekwencji genomu – struktury materiału genetycznego – wirusa SARS-CoV-2, dotąd poznanych w Polsce.

Badania zmienności genetycznej koronawirusa prowadzone są w Instytucie Genetyki Człowieka PAN w Poznaniu pod wspólnym kierunkiem prof. dr hab. n. med. Ewy Ziętkiewicz, prof. dr hab. n. med. Andrzeja Pławskiego i dyrektora Instytutu prof. dr hab. n. med. Michała Witta. Jak poinformowała PAP w poniedziałek Agnieszka Możejko z Instytutu Genetyki Człowieka PAN, badania te są pionierskie; poznańscy naukowcy przeprowadzili je jako pierwsi w kraju.

Możejko tłumaczyła, że genetycy porównali 90 sekwencji SARS-CoV-2 izolowanego w Polsce z 42 tys. sekwencji izolatów dostępnymi w międzynarodowej bazie danych GISAID, która zbiera dane o wszystkich poznanych dotąd sekwencjach genomów wirusów grypy oraz SARS-CoV-2 w skali całego świata. Polskie sekwencje pochodzą z kilku krajowych ośrodków naukowych, w tym także z poznańskiego Instytutu Genetyki Człowieka PAN, jako jedynego źródła takiej informacji w Wielkopolsce. Czytaj więcej: Naukowcy o problemie nierzetelnych publikacji na temat koronawirusa.

„Koronawirus, który krąży w Europie, należy do sześciu powszechnie uznanych typów: filogenetycznie starszych L, V i S, przeważających w chińskich próbkach z Wuhan, oraz najczęściej występujących w krajach europejskich: G, GH i GR. Badania poznańskich genetyków wypełniają istotną lukę w wiedzy o sekwencjach koronawirusów obecnych nie tylko w Polsce, ale we wszystkich krajach słowiańskich” – podkreśliła Możejko.

Dodała, że podobnie jak w przypadku innych izolatów europejskich, większość polskich próbek należy do typu G: są to GR (53 proc.), G (27 proc.), GH i GHI (9 proc.). W porównaniu z innymi krajami europejskimi w Polsce zaobserwowano wybitną przewagę typu GR. Sekwencje ze starszych, przeważających w Chinach, typów L, V i S stanowią tylko 6 proc. analizowanych polskich sekwencji.

„Ocena sekwencji izolowanych w Polsce koronawirusów jasno wskazuje, że mamy w kraju do czynienia z genetyczną mieszanką wielu typów i podtypów wirusa SARS-CoV-2, która zapewne jest wynikiem transferu patogenu z różnych lokalizacji geograficznych. Bez wnikliwego wywiadu epidemiologicznego niemożliwe jest określenie, z jakiego kraju pochodzi dany przypadek transmisji i kiedy do niego mogło dojść” – podano w komunikacie.

Naukowcy zaznaczyli również, że „nadreprezentacja poszczególnych typów genetycznych koronawirusa w poszczególnych wybuchających ogniskach zakażenia wcale nie świadczy o szczególnym kierunku ewolucji wirusa w danej lokalizacji, ale jest efektem transferu wirusa, jego gwałtownego namnożenia oraz wybiórczego pobierania próbek z poszczególnych miejsc. Pokazuje to, jak istotne jest wprowadzenie szeroko zakrojonego programu testów genetycznych koronawirusa w Polsce, o co poznański Instytut Genetyki Człowieka PAN intensywnie zabiega od długiego czasu”.

Poznańscy genetycy podali, że kompletne informacje na temat podtypów wirusów krążących w danej populacji są istotne dla epidemiologii medycznej, diagnostyki i profilaktyki zakażeń.

„Przypisanie wyizolowanego wirusa do głównych typów zidentyfikowanych w Europie jest pierwszym krokiem w takich przedsięwzięciach, ale tylko sekwencjonowanie całego materiału genetycznego wirusa pozwala na wykrycie nowych mutacji specyficznych dla tej populacji. Jest to niezbędne do rekonstrukcji lokalnych szlaków rozprzestrzeniania się infekcji i identyfikacji nieudokumentowanych lokalnych źródeł zakażenia COVID-19. Ponadto dostęp do informacji o zmienności szczepów występujących w Polsce pozwoli na dostosowanie przyszłych terapii czy szczepionek do specyfiki zakażeń w polskiej populacji” – wskazali naukowcy.

Dotychczas w Polsce zakażenie SARS-CoV-2 potwierdzono łącznie u 52 410 osób, z czego 1809 zmarło. (PAP)